Lịch sử Hàm Yên xưa là huyện Sóc Sùng, đời Minh là huyện Văn Yên, sau nhập vào huyện Khoáng. Đời Lê sơ gọi là huyện Sùng Yên sau đổi là Phúc Yên. Năm Minh Mạng thứ 3 (1822) kị húy chữ Phúc, đổi là Hàm Yên. Năm Duy Tân thứ 7 (1913) chia huyện Hàm Yên thành 2 huyện Hàm Yên và Yên Sơn.Tháng 12 năm 1975 trên cơ sở hợp nhất hai tỉnh Tuyên Quang và Hà Giang thành tỉnh Hà Tuyên, Hàm Yên là huyện lị của tỉnh Hà Tuyên. Năm 1991, khi tách trở lại thành Tuyên Quang và Hà Giang, Hàm Yên là huyện lị của tỉnh Tuyên Quang.
Sau năm 1954, huyện Hàm Yên có 17 xã: Bạch Xa, Bằng Cốc, Bình Xa, Đức Ninh, Hành Mai, Hùng Đức, Minh Dân, Minh Hương, Minh Khương, Nhân Mục, Phù Lưu, Thái Hòa, Thái Sơn, Tân Thành, Thành Long, Tự Do, Yên Hương.
Ngày 26-12-1970, hợp nhất xã Tự Do và xã Hành Mai thành một xã lấy tên là xã Yên Thuận.
Ngày 19-11-1985, chia xã Nhân Mục thành 2 đơn vị hành chính lấy tên là xã Nhân Mục và thị trấn Tân Yên (thị trấn huyện lỵ huyện Hàm Yên).
Ngày 15-7-1999, chia xã Yên Hương thành hai xã Yên Lâm và Yên Phú.
Diện tích, dân số, giao thông Diện tích 907 km2
Dân số là 109.000 người (năm 2008). Huyện lị là thị trấn Tân Yên nằm trên quốc lộ 2, cách thành phố Tuyên Quang khoảng 40 km về hướng tây bắc, huyện cũng là nơi con sông Lô chảy qua. Bí thư huyện uỷ hiện hay là ông Hà Phúc Phình, chủ tịch huyện là ông Vũ Đình Hưng.Trưởng Công an huyện là Đồng chí: Bùi Quang Tuấn. Huyên Hàm Yên gồm có các dân tộc sau: Kinh, Tày, Nùng, dao, H’Mông…
Các đơn vị hành chính Huyện gồm 1 thị trấn Tân Yên và 17 xã: Bạch Xa, Bằng Cốc, Bình Xa, Đức Ninh, Hùng Đức, Minh Dân, Minh Hương, Minh Khương, Nhân Mục, Phù Lưu, Thái Hòa, Thái Sơn, Tân Thành, Thành Long, Yên Lâm, Yên Phú, Yên Thuận.
Kinh tế Kinh tế chủ yếu dựa vào nông nghiệp như trồng cam, lúa,… nuôi cá và các loại gia súc như trâu bò, dê,… Cây công nghiệp có chè; cây lâm nghiệp có keo.
Du lịch Thắng cảnh Động Tiên Đền Bắc mục tại km 43 nằm bên bờ sông lô thờ tướng Trần Hưng Đạo Đền thác cái tại km 61 Quốc lộ A2 là một nơi thu hút được đông đảo người đến lễ bái với truyền thuyết” ái cội” Hội chọi trâu Hàm Yên Du lịch sinh thái Cao Đường – xã Yên Thuận được ví như Đà lạt của Tuyên Quang Hang Bạch Xà với tượng Đức Mẹ – Xã Bạch Xa Ngoài ra còn có các lễ hội tại các xã như: Hội cầu đình của xã Bạch Xa, lễ hội đón xuân của người H’mông tại thôn Cao Đường với nhiều trò chơi dân tộc như đi cà kheo, đánh quay, tung còn,…